Badan Penjaminan Mutu USM dibentuk pada tahun 2015 berdasarkan SK Rektor Nomor 735/KPTS/Rektor-USM/XI/2015 Tentang Pembentukan Lembaga Penjaminan Mutu dan Struktur Organisasi Lembaga Penjaminan Mutu. Badan Penjaminan Mutu (BPM) yang secara struktur organisasi bertanggung jawab secara langsung kepada Rektor membuat desain Sistem Penjaminan Mutu berdasarkan pada standar ISO 9001:2008 yang digabungkan dengan standar Akreditasi Borang Program Studi dan standar Akreditasi Institusi. Dengan dikeluarkannya Permendikbud No 49 Tahun 2014 Tentang Standar Nasional Pendidikan Tinggi yang wajib diimplementasikan pada semua Perguruan Tinggi yang ada di Indonesia, maka Universitas Serambi Mekkah melakukan pengembangan terhadap SPMI. Pelaksana penjaminan mutu di Universitas Serambi Mekkah dilaksanakan oleh BPM yang sekarang berganti nama menjadi Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) Universitas Serambi Mekkah yang bertanggung jawab langsung kepada Rektor, dibantu oleh Satuan Jaminan Mutu
Fakultas dan Unit Penjaminan Mutu Program Studi. Lembaga Penjaminan Mutu dipimpin oleh seorang Ketua dibantu oleh penanggung jawab bidang Audit Internal Mutu Akademik, bidang SPMI, bidang akreditasi dan bidang kurikulum. Bidang AIMA bertanggung jawab dalam melakukan audit atas penyelenggaraan segala kegiatan akademik dan pengelolaan pendukung akademik. Bidang SPMI memantau pelaksanaan siklus PPEPP pada setiap unit terkait mulai dari tingkat rektorat hingga program studi. Bidang Akreditasi bertanggung jawab dalam memantau status akreditasi semua program studi dan akreditasi institusi termasuk juga pembukaan prodi baru di lingkungan USM. Bidang kurikulum bertanggung jawab dalam pengembangan kurikulum, mengevaluasi dan peninjauan kurikulum yang berlaku bekerja sama dengan program studi.